Архиепископ Арсений (в миру Яковенко Игорь Федорович) родился 21 июня 1968 года в поселке Поросозеро Суоярвского района Карельской АССР в семье железнодорожника. В 1969 году его родители переехали на родину отца в село Лиски Лискинского района Воронежской области, где и он жил до совершеннолетия, получив образование в сельской средней школе. По ее окончании, в 1985 году, поступил в Воронежский сельскохозяйственный институт на агрономический факультет.

После первого курса, в 1986 году, был призван в армию и с июня 1986 года по май 1988 года проходил службу в Горьковской области. В это же время посещал храм Казанской Божией Матери в городе Гороховница, где духовно сблизился с протоиереем Вениамином, по благословению которого по окончании службы забрал документы из института и с октября 1988 года по июль 1989 года был чтецом кафедрального собора Покрова Божией Матери города Воронежа.

В августе 1989 года поступил в Московскую духовную семинарию, в которой учился по 1992 год. По окончании ее, в июле того же года, на праздник святых первоверховных апостолов Петра и Павла был рукоположен епископом Донецким и Славянским Алипием (Погребняк) в сан диакона в Петропавловском храме города Красный Лиман Донецкой епархии.

25 июля 1992 года, в день празднования иконы Божией Матери Троеручицы, в Свято-Николаевском храме города Ясиноватая Донецкой области был рукоположен в сан иерея.

21 августа 1992 года, в день памяти преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, в храме святителя Василия Великого села Никольское Волновахского района иерей Игорь Яковенко был пострижен епископом Алипием в мантию с именем Арсений в честь преподобного Арсения Великого и с того же числа получил указ на приходское служение при храме свв. первов. апп. Петра и Павла в город Красный Лиман Донецкой области вторым священником.

6 мая 1993 года указом епископа Ипполита иеромонах Арсений (Яковенко) был переведен в число братии новооткрытого Свято-Успенского Святогорского монастыря и назначен на должность благочинного оной обители. 20 января 1995 года по благословлению Блаженнейшего Митрополита Владимира назначен наместником Святогорского монастыря с возведением в сан игумена и вручением жезла. В том же году к празднику святой Пасхи возведен в сан архимандрита.

По представлению Митрополита Донецкого и Мариупольского Илариона, управляющего Горловской епархией, Блаженнейшим Митрополитом Владимиром награжден орденом равноап. кн. Владимира III и II степени, орденом Рождества Христова I степени и правом ношения 2-го наперсного креста. 10 ноября 2005 года на заседании Священного Синода Украинской Православной Церкви было принято решение о назначении викарием Горловской епархии наместника Свято-Успенской Святогорской Лавры архимандрита Арсения (Яковенко).

5 декабря 2005 года в Свято-Успенском соборе Свято-Успенской Святогорской Лавры состоялась Божественная литургия, которую возглавил Блаженнейший Митрополит Киевский и всея Украины Владимир в сослужении Высокопреосвященнейших Митрополита Днепропетровского и Павлоградского Иринея, Митрополита Донецкого и Мариупольского Илариона, Архиепископа Вышгородского Павла, Преосвященнейших епископа Алипия, епископа Криворожского и Никопольского Ефрема, епископа Черниговского и Нежинского Амвросия и епископа Васильковского Луки. За Божественной литургией над наместником Свято-Успенской Святогорской Лавры, архимандритом Арсением была совершена архиерейская хиротония.