В октябре 2000 года храм и прихрамовая территория становятся подворьем Свято-Николаевского монастыря Донецкой области . В 2001 году по благословению и ходатайству митрополита Илариона подворье Свято-Николаевского монастыря было преобразовано в Свято-Иверский монастырь.

На начало 2010-х годов монастырь состоял из Свято-Иверского храма с колокольней, сестринского корпуса и хозяйственных помещений. Также в монастыре располагался фруктовый сад и ягодник, часть растений из которого была пожертвована Донецким ботаническим садом.

В результате боевых действий в 2014 году в районе донецкого аэропорта, монастырь сильно пострадал. Сестры монастыря покинули обитель вместе с главной святыней монастыря – чудотворной Иверской иконой Божией Матери. 25 февраля 2016 года в обители состоялось первое после большого перерыва богослужение.